退職日までの手当て日割り計算について

> 教えてください。
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> 弊社は、月の途中で入退社する場合、手当は、
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> 月手当総額×出勤日数／30日又は31日
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> で日割り計算することになっています。
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> 今回、退職日まで、3日有給休暇、土曜日、日曜日が退職日の社員がいるのですが、この日割り計算の仕方に悩んでいます。土日は会社休業日なので、稼働日の3日で計算すればいいのか、土曜日を含めた4日で計算すればいいのか・・
> ちなみに手当てとは通勤手当、研究手当等です。
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> よろしくお願いします。

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通例では、やはり就業規則などによりその支給方法を定めておくことが必要です
特段の定めがない場合は、年間支給額を年間所定労働日数で除して得た日額を支給する方が妥当と思います。
お話の、通勤手当、研究手当なども然りです