賞与から預る社会保険料について

ご存じかも知れませんが、いくつかを並べてみます。
１）社会保険事務所は賞与額から計算して、納付額を通知してくるので、正しい金額を納付している。（つまり、会社に預かりすぎた額が残っている。）
２）賞与の源泉は、前月の給与から税率を算出するので、問題なし
３）年末調整時、社会保険料として控除した金額が間違っていた場合には、年末調整のやり直しとなります。（市町村への届け出も必要です。）
但し、国税も住民税も課税金額が変わらない場合には、不要だと思います。

従って、まずは差額を本人に返却し、年末調整を間違った金額で行っている場合には、税務署と市町村に相談してみてください。