年末調整の義務について

まず、会社が源泉徴収をしているのは「本人が国に払う所得税を会社がまとめて代行して払っている」行為であると思います。
ですので、会社が徴収し税務署に納めている所得税の分は、会社が年末調整をすることによって本人に還付すべきです。年末調整を会社が行うことにより、「会社が支払った給与・賞与」に関しての所得税は会社が把握できることになります。
しかし、年末調整を会社が行ったからといって、本人がその後確定申告が出来ないということではありません。会社が本人に源泉徴収票を渡し、その源泉徴収票と確定申告に必要な医療費控除の書類を用意して、本人が確定申告に行き還付をうければよいことです。税に関する事務の際、一人だけ違う応対をしないほうがよいと思います。
会社と本人、共に円滑な還付を行うために本人に十分説明してあげて下さい。そうすればわかってくれると思いますよ！

りょう様、丁寧なご回答ありがとうございます。

いくら本人が確定申告すると言っても、年末調整をすることは「会社の義務である」と捉えてよさそうですね。年末調整をせずに、後になって「実は確定申告しませんでした。」と言われても困りますし…。

本人ともう一度話をしてみようと思います。
ありがとうございました。