2社で勤務管理、労働者と責任者が同じ人・・・

【雇用面】
A社もB社も２つの会社で勤務しているのを既知であり、了解されているのであれば、雇用については問題ありません。

【賃金面】
就業時間が週６０Hであれば、１日単位で累計８Hを超えた分で時間外２５％が発生しますし、週単位で累計４０Hを超えた分についても時間外２５％が発生しますので、実務上の時間外管理が非常に複雑になります。
考え方として、A社で毎日８時間働いていらっしゃるのであれば、B社での勤務は全て２５％の時間外手当を含んでの賃金支給とする必要がありますし、今の時給のままで時給を修正しないとすれば、今の時給÷１．２５が最低賃金以上となっているかを確認する必要有りますね。
実務では、管理がややこしいので余りこうしたことはしないと思うのですが・・・。法令に基づいてやるんだったら、この程度は管理をしていく必要ありますね。