社会保険について

> 入社時に遡っての加入になりましたが
> 保険料は入社時から遡って本人の給料から徴収すればよろしいのでしょうか。
> もし本人が拒んだ場合は、全額会社負担って事になるのでしょうか。

入社日まで遡及しての加入になったということは、
入社時点で強制加入要件を満たしていたということですよね。
社会保険は、加入要件を満たす限りは、会社側に加入させる義務があります。
それを今まで加入させていなかったのは、会社側がその義務を怠っていたということにほかなりません。
もし本人の希望で加入していなかったというのであれば、
本人との“交渉の余地”はあるでしょうけど、
その場合でも、本人が支払いを拒んだ場合は、会社が負担するしかないでしょうね。
なぜなら、本来なら強制的に加入させなくてはならなかったのに、
その義務を怠っていたのは会社にほかならないからです。
本人が希望したのが理由だとしても、いいわけにはなりません。

こういったことが起こらないよう、
今後は本人が希望するか否かにかかわらず、
加入要件を満たしているのであれば、しっかり加入させるようにしてください。

> もし本人の希望で加入していなかったというのであれば、
> 本人との“交渉の余地”はあるでしょうけど、
> その場合でも、本人が支払いを拒んだ場合は、会社が負担するしかないでしょうね。
> なぜなら、本来なら強制的に加入させなくてはならなかったのに、
> その義務を怠っていたのは会社にほかならないからです。
> 本人が希望したのが理由だとしても、いいわけにはなりません。

会社は義務を怠っていましたが、だからといって本人が負担すべき保険料の支払いを拒否できるのでしょうか？保険料の自己負担分の支払いと、今まで保険に加入していなかったことによる損害の請求とは別の話だと思います。

一括での徴収ができないのであれば、分割で過去の分を徴収してはどうでしょうか？

> 会社は義務を怠っていましたが、だからといって本人が負担すべき保険料の支払いを拒否できるのでしょうか？保険料の自己負担分の支払いと、今まで保険に加入していなかったことによる損害の請求とは別の話だと思います。

確かに保険料は労使折半が原則です。
ですから、本人負担分は本人が負担すべきものです。
しかしながら、法により、賃金から保険料を控除できるのは、
徴収月にその保険料を徴収する場合ですから、
遡及分を本人の合意なしに徴収することはできません。
遡及して加入した社会保険料を勝手に控除すれば違法となってしまいます。
ですから、通常は、労使間の話し合いで支払方法や支払額の折り合いをつけるケースがほとんどで、
そのうえで、本人の同意のもと、分割徴収などを行っていると思います。
逆を言えば、本人の同意が必要である以上、
ご質問のように、“本人が拒否した場合”については、
会社側が“強制的に”遡及分の保険料を徴収するすべはないことになります。
もちろん、裁判等で本人に支払命令などが出れば、
それを元に支払わせることは可能です。
しかしながら、裁判を起こすには費用も労力もかかりますし、
必ずしも希望通りの判決が出るとは限りません。
（使用者が加入させる義務を怠っていたという事実や、その他の事情も加味されるからです）
本人が支払を拒否し、裁判等で強制的に徴収するということもしないのであれば、
納付義務は使用者にあることから考えても、
使用者が負担せざるを得ない、ということになってしまいます。

確かに、Mariaさんのおっしゃるように給与から勝手に控除すれば違法になりますね。

でもやはり、本人負担分の保険料は、本人に請求し払ってもらうのが筋なので、給与からの天引きの方法での支払いを拒否されたら、普通に請求し払ってもらうことになると思います。
法的にも支払いを拒否すれば払わなくても良いというものでもないと思います。
今回の事情や経緯はよくわかりませんが、会社だけではなく本人にも責任があるような気もしますので、まず、本人と話し合いをし、分割でもいいから会社の立替え分を回収する努力は必要だと思いますがどうなんでしょうか？
本人に支払う義務があることを説明し、分割でも支払いを拒否するということは、パート職員にとっても会社での立場が悪くなると思われるので、得策ではないような気がします。
個人負担分を免除？（会社負担）にするのなら、従業員側も全額払わなくてもよいという根拠が必要です。
どうしても立替えを回収できない場合、回収の手段として少額訴訟はできませんか？
その段階まで行く前に、少しの金額でも分割払いを提案し話し合いで解決する努力はする。
天引きを拒否されたら、次の手を考えて実行する。
裁判になったらお金がかかるからと、すぐにあきらめないで、現在会社にいる職員の方ですから、よく話し合ってみるべきではないか、
との提案でした。

今回の件と事情は違いますが、給与計算で保険料の控除額を誤って少なかったことに
後に気がついた場合も、差額は拒否すれば支払わなくても良い、
とはならないと思います。
（月額の変更があったのを忘れていたなど、徴収すべき金額を間違えることはあり得ますよ。）
なすすべがないとすぐにあきらめないで、
色々な手を考えるべきではないでしょうか。