中小企業承継事業再生計画に伴う会社設立等について

再生専門ではないので、思いつく限りのお答えですが・・・

> １．会社分割で新設した方がよいのか、通常どおり会社設立をしたらよいのか、その基準は何かありますか？
最終的に息子さんが株主となるのであれば、受皿会社を新設する「新設譲渡型」が良いのではないでしょうか。
分離元企業が受皿会社を新設する「新設分割型」だと、一旦分離元企業が株主になることになりますもんね。

> ２．上記どちらにしても登録免許税が減税されるのですが、計算後１５万円を下回っても構わないのでしょうか？
設立なら15万円、分割なら3万円がそれぞれ最低ではないでしょうか。司法書士さんに回答を求めた方が確かとは思いますが、私の見る限り・・・。

> ３．有限会社Aは破産をすることになるのですが、
> 解散・清算人就任登記→破産申立→（破産手続き終了後）清算結了登記の手順でよろしいでしょうか？
有限会社のままだと、破産申し立てをして、すべて管財人任せになるのではないでしょうかね・・・清算人ではなく。特別清算なら、清算人が手続きを進めることになりますが。
もっとも、特例有限会社のままだと、株式会社に商号変更しない限り特別清算はできないのではないかと思います。
選択の余地があるのなら、株式会社に商号変更後特別清算するか、特例有限会社のまま破産するか、法律の専門家と相談されてはいかがでしょうか。

ご参考になる部分があれば幸いです。

分かりやすいご回答ありがとうございました！