本年途中で海外勤務から国内勤務に異動となった場合の年末調整

> 給与計算担当者です。
> 　約３年の海外勤務から本年１０月１日付けで国内勤務へ異動となった従業員の年末調整及び確定申告についてご相談いたします。
> 　本年の年末調整は国内勤務となった１０月給与から１２月給与に対して行うのでしょうか？（海外勤務期間は所得税の控除はしていません。）
> 　また、収入が弊社の給与収入のみの場合は確定申告の必要はなしとして良いでしょうか？
> 　
> 　はっきり確認はしていないのですが、海外勤務だった方への給与計算後に、どうも海外勤務者の雑務担当みたいな方が、国内のことなのか、現地（海外）のことなのかわからないのですが、なにか「税」らしきものを取っていたような感じがあります。そうだとしたら、当人に確定申告するよう助言したほうがよいことなのかなと思っておりまして。
> 　非居住者には所得税はかからないものだと思っていますが、なにか取らなくてはいけない税があるのでしょうか？
>
> 　あいまいな質問になっており、申し訳ありません。私の疑問を読み取っていただけましたら、どなたかご教示ください。
> 　よろしくお願いいたします。

海外赴任者のいるメーカーの者です。
お問い合わせの件について。
・年末調整は日本勤務で発生した給料に対して行えば良いはずです。
・雑務担当の方が、どのような名目で“「税」らしきもの”を取っていたのかを確認することが先決です。海外赴任者はその事実を知っているんでしょうか？給与計算担当の方が全く知らないというのはちょっとまずい気がしますが…。
（日本国内でかかる所得税に相当する額ではないかと推察します。非居住者は日本での所得が無いので所得税はかかりませんが、それでは海外赴任者と国内勤務者とで所得に差が出てしまい、海外赴任者が優遇されてしまう結果になります。一方で任地で個別に所得税を取るようにすると、今度は赴任する国によって給与が変わってしまい、これまた公平性が確保されません。日本国内外の給与の公平性を担保する為に、日本での所得税分を取っているのではないかと。会社の考え方の部分です。）
何かの参考になれば幸いです。

アラビックさん

　ご返信ありがとうございます。
　アラビックさんのご返信を読んでいて、はっと思い当たることがありました。アラビックさんがおっしゃっている「日本国内でかかる所得税に相当する額ではないかと推察します」というところです。
　この業務を引き継いだときに確かそんな説明があったと思い出しました。私はそのとき、「よく意味がわからない」とうやむやにしてしまったことをです。

　今日、よくよ～くこのことを確認し、私が大勘違いしていたことがわかりました。そもそも今回の疑問は「国内控除の相当額を差し引いているんだよ・・」と聞いたことが頭に残り、「給与計算後になにか控除している・・」と思い込んだことによるのですが、その意味はアラビックさんが教えてくれたまさにそのことで、年度初めの新賃金が決まるとき、海外勤務のこの方は、日本国内の源泉徴収相当額を減額して決定している、ということを意味していたのです。私にはそのことが理解できていませんでした。でもこれですっきり理解しました。
　海外勤務とか海外勤務から帰国するとか、もう知識が伴わず不安いっぱいで・・お恥ずかしい限りですが、思い切ってここで相談してみてよかったです。
　アラビックさん、とてもよくわかりました。わかりやすく
教えてくださり、ありがとうございました。

ふきのとう様

少しは参考になったようで良かったです。
これからも頑張ってください！