こんにちは。
専門家でない上、私も市区町村役場HPからの抜粋で申し訳ないのですが、横浜市のHPに
「1年以上海外に居住していた場合、海外に居住していた期間にかかる証明書を発行できない場合がありますので、事前にお問い合わせください。 」
という記述がありました。
市区町村役場で「海外留学中のため、非課税証明書が出せないといわれた」ことを健保に説明し、どうすればよいか指示を仰ぐしかないのでは?
協会けんぽではなく、健保組合なのですが、
<被扶養者の認定申請書(留学中)>
http://www.zennoh-kenpo.or.jp/shorui_data/m_f_nintei_6.pdf
のように、海外居住の被扶養者認定に関する独自様式を設定しているところもあるようですから、そういった様式がないのかどうかも確認が必要だと思います。
それと、蛇足ですが、別居の被扶養者ということですので、被保険者が被扶養者の生計を維持している証として、留学されている方への仕送り額が証明できる書類も必要だと思います。
あまり役立つ情報でなくてすみません。
ご参考になる点がありましたら幸いです。