中国人従業員の帰国手続きを教えて下さい。

会社をお辞めになるということでよろしいでしょうか？

健康保険、厚生年金については、海外出向（移籍しない場合）の場合で、御社より給与が支払われている以上加入することができ、特に手続きは必要ありませんが、退職となると、通常の退職の手続き、及び、厚生年金の脱退手続きをしなければいけません。
現在中国とは社会保険協定を結んでいない為、中国の公的年金と通算合算ができません。
よって将来日本また来国して仕事をする予定がない場合などは、老齢厚生年金等の受給資格を満たさないこととなります。年金事務所に「外国人用」の手続き書類がありますので、確認してみてください。
これは、本人が日本から出国して、中国から手続きをするものです。日本にいる間は手続きができません。どんな書類が必要か等、外国語で書かれているものもあるようです。
所得税につていは、源泉徴収票をわたし、母国にて確定申告をしてもらえればよいはず。中国でも確定申告はありますし、外国所得控除もあるそうです。日本のように１年分を基準に計算しているかは不明ですが、後は本人に任せるしかありません。