年末調整の乙と甲の税率の算出方法

毎年、この時期は年末調整のことで悩みます。
会社のﾊﾟｰﾄさんが書類を無記名にて提出されまして
税理士さんからは、かならず提出してもらうようにとのことで、ﾊﾟｰﾄさんたちにどのように伝えて提出をすんなりしてもらったら良いのかどうかと、税率の算出方法ですが
甲の場合と乙の場合と2通りの税率と算出方法を質問させて頂きたいのですが。
ご回答をよろしくお願い致します。