代表取締役が辞任し、その後は取締役となりますが、、

代表取締役のみを辞任することには全く問題ありません（依然、取締役に留まることができます）。
代表取締役が１名で欠員となり、取締役会の設置会社であれば、新たな代表取締役を取締役会で選任し登記を行えば良いでしょう。
新任代表取締役の実印だけで良いのには一定の条件がありますから、前代取の出席・代表実印の議事録押印など、具体的な処理方法・添付書類については、いつもご利用の司法書士事務所などにご確認ください。

回答をいただきありがとうございました。
司法書士には頼んでおらず、自分で作成しているのでわからないことだらけです。
取締役会議事録に実印が必要なことが抜けておりました。早めにわかって感謝しています。
またいろいろと参考にさせていただきます。

横から失礼します。

私も法人登記の書類は自分で作成してます。

法務局内に相談の窓口がありますので、最初のうちは随分お世話になりました。結構丁寧に相談に乗って頂きました。
ただ、法務局を定年で退官になった方が相談官として窓口にいらっしゃいますので、時には説明がわかりづらかったり、くどかったりします。
今は、少しなれましたので郵送で申請書類を提出しています。まだ時々、書類に不備があったりして法務局に出向くことがありますが……。

以上、少しでも参考にして頂ければ幸いです。

みさニャンさん
　ありがとうございます。

　法務局が少し離れた場所なので、書類を届けた時にわからないことを聞いたことがありますが、田舎のせいか扱ったことのない事例では適切な回答が得られなかったり、また私自身がわからずに質問できなかったりします。

でもこの総務の森で少しづつ理解できることがあり、大変助かっています。これからも皆様のお知恵をお借りしたいと願っています。