社会保険算定基礎届

算定基礎届の金額の中に[交通費]が含まれるのは[交通費]が社会保険上は「報酬」
として定義されているからです。
因みに、そもそも会社は交通費を払う義務が無いです。

また交通費については一定条件（金額・距離）を超過すると「課税」となります。
社宅費、食事代、宿・日直手当等も一定額を超過すると「課税」となります。

給与項目により扱いが異なるのは、根拠となる法律が異なるからです。