育児休業者の年末調整

詳細がいまひとつ分からないのですが、産休および育休の期間は給与が支払われなかったのであれば、給与収入0で必要項目の金額を集計のうえ書類を作成するだけです。わざわざ計算する必要もないでしょう。
なお、産休期間の健康保険料と厚生年金保険料は徴収した筈ですから、社会保険料控除に入れ忘れないようにしてください。