自動車通勤手当の非課税枠について

> 昨年度まで実施されていた通勤手当の非課税枠に付いての質問です。(所法9、所令20の2、所基通9－6の2)
> 片道１５ｋｍ以上の場合交通機関を利用した場合の定期代までは非課税枠としてみなせますとあります。
> 昨年度以前の源泉徴収について、この特例を適応する様にお願いをしていますが、認めてもらえません。
> 会社側の理由として、この特例を適応するかどうかは会社側の判断で、給与受給者側に選択の余地は無いとの事です。
> これは会社側の顧問税理士の見解との事です。
> 　そもそも税金の還付申請は給与需給社者の権利であると思いますが、会社側に決定権があるのでしょうか？
> 比較となる交通機関も不合理であるとは思えません。
> 実際に自動車が使えない場合はこの方法で申請すれば認められる経路（手段）です。このみなし課税の方法では通勤手当は全額非課税として計算できます。（現在は部分課税）
>
> これによる会社の金銭的負担が増える訳でもないことで（税金の還付なので）、この様に会社側が課税・非課税の処理を判断して良いものなのでしょうか？会社側は違法では無いとの一点張りです。この場合どの様に会社側と交渉すれば良いのでしょうか？


こんばんわ。私見ですが・・。
今回変更になった「みなし規定」は「せねばならない」絶対的なものではなく「そうすることもできる」という規定です。つまりどちらでも良い選択できるものになっているから「みなし」なんですね。基本交通費の支給は会社にゆだねられている手当であり労働対価の絶対的に支払わなければならない手当ではありませんので会社が「みなし規定」を採用しないとしたのであればそれまでと考えます。会社には「みなし規定を採用しない（しなかった）理由」を聞いてみてはどうでしょう。それで得心できるかどうかは別とは思いますが・・。現状理由は不明ですがみなし規定を採用している企業は少ないとも聞いています。
とりあえず。

税理士（会社）も同じ様な回答です。
しかし税金を支払い負担しているのは会社ではありません。
確かに法的に会社は通勤手当の支払い義務はありません。
ですが、“通勤手当て”として支払われている以上、
会社によって課税枠が変わるのは俗に言う法の下の平等の大原則からは逸脱します。弁護士のも相談しましたが、
会社側がこの特例を適応しない理由は見つからないとの事です。またみなし課税の法的解釈ですが、諸手当は本人の直接修正申告は不可能ですが、会社側が特例の適応をする・しないは勝手だとしても、過去の判例から支払いを会社に求める権利を認めていない訳ではないと思います（源泉徴収での会社の申告ミス等の返還請求は会社へ請求しなさいという判例があります）
また、回答投稿と同じ様に、弁護士も特例を適応しない理由を問い合わせをしたらどうか？との提案を受けました。
また、ただ単に、”手間がかかるから”と言う事だけでは、特例を適応しない理由にはならないでしょうとも言われました。徹底抗争とします。小額で訴訟も何なのですが、スジが
通らないのも気に入らないので。
また、何かありましたらアドバイスをお願いいたします。

過去レスにも同様な記載がありました。
参考なるかと思いましたが、
残念ながら結論には至っていませんでした。


>http://www.soumunomori.com/forum/thread/trd-52162/

> 税理士（会社）も同じ様な回答です。
> しかし税金を支払い負担しているのは会社ではありません。
> 確かに法的に会社は通勤手当の支払い義務はありません。
> ですが、“通勤手当て”として支払われている以上、
> 会社によって課税枠が変わるのは俗に言う法の下の平等の大原則からは逸脱します。弁護士のも相談しましたが、
> 会社側がこの特例を適応しない理由は見つからないとの事です。またみなし課税の法的解釈ですが、諸手当は本人の直接修正申告は不可能ですが、会社側が特例の適応をする・しないは勝手だとしても、過去の判例から支払いを会社に求める権利を認めていない訳ではないと思います（源泉徴収での会社の申告ミス等の返還請求は会社へ請求しなさいという判例があります）
> また、回答投稿と同じ様に、弁護士も特例を適応しない理由を問い合わせをしたらどうか？との提案を受けました。
> また、ただ単に、”手間がかかるから”と言う事だけでは、特例を適応しない理由にはならないでしょうとも言われました。徹底抗争とします。小額で訴訟も何なのですが、スジが
> 通らないのも気に入らないので。
> また、何かありましたらアドバイスをお願いいたします。


こんばんわ。
書かれたレスも過去レスも読みました。あれから考えてみましたが結論は出ません。というのも「通勤手当」は支給されるだけ「まし＝ラッキー」と考えていますので。また会社によって課税が変わるのは「選択制」を認めている以上いたしかたない事ではないでしょうか。「法の下の平等」を言われるのであれば「選択制」を認めている「国」に対して「不平等が発生している」と声を上げるよりないでしょう。「選択制」を廃止することで今回のような事が起きることはなくなります。改正された新しい「非課税交通費」もそのまま変更無しで「選択制」は残っていますね。ただ気になったのは「税金を負担しているのは会社も同じ」だろうに・・と思った点です。個人としては所得税ですが法人としても法人税を支払っているはすなんですけどね・・。
個人的には言われる事は理解できます。過納税させられたという疑念が晴れないのもわかります。さしつかえなければ少額訴訟の結果報告もお願いしたいところですね。このスレッド結構と読まれている方がいるようなので・・。
とりあえず。