代表取締役辞任の方法

辞任は届出をすれば可能ではありますが、会社に対する賠償、損害等があれば、その責任義務を除くことはできないでしょう。
今は、内容証明郵便物等での辞任、責任義務の解除等連絡しておくことですね。

取締役の辞任
http://naiyoshomei.k-solution.info/2008/12/post_80.html