通勤方法で

> 私は現在自転車で通勤しているんですが
> 原動付自転車での通勤をしようと思い会社に申請を行ったが
> 一定の距離未満なので断られてしましました。
> 通勤手当が出ないとかならわかりますが通勤自体の拒否ってあるのでしょうか？？

会社での受け入れ態勢に問題がある場合など、原付を拒否する場合はあるでしょうね。
駐車場が確保できないとか、１人だけ認めてしまうと近距離の方で原付で通勤したいと思っている方への追加対応が必要になるなど。

高校や大学でも、よく距離によって自動車・原付の制限を設ける学校がありますね。

回答希望者 さん　　　お疲れさんです

追記します。
社員、従業員の通勤手段については、会社が任意に就業規則てその内容を決める事が出来ます。
通勤手当も賃金と認められるわけですし、通勤中の事故の場合には会社の労災適用もなされますので、全て会社の権限外ということにはなりません。
勿論、その規制内容が社会通念上から見て余りに不適切な場合には問題ですが、マイカー通勤、バイク自転車の禁止については駐車場の場所等に関わらず基本的には差し支えないものといえます。
原動付自転車、つまりはバイクですね。当然のこと、駐輪場、バイク保険加入等の確認、つまりは会社として安全確認義務が課せられますから、それを考えてのことかもしれません。