先方負担義務印紙代の当方負担について

私自身、ご質問内容のようなことは聞いたことが無く該当する判例等も見当たりませんでしたので、最も安全な策として管轄税務署に確認いただくことをお勧めしますが、それを前提に以下の通り回答します。

印紙税法（第3条2項）では、「一の課税文書を二以上の者が共同して作成した場合には、当該二以上の者は、その作成した課税文書につき、連帯して印紙税を納める義務がある」としています。
一方で印紙税法基本通達（第47条）では、「一の課税文書を2以上の者が共同作成した場合における印紙税の納税義務は、当該文書の印紙税の全額について共同作成者全員に対してそれぞれ各別に成立するのであるが、そのうちの1人が納税義務を履行すれば当該2以上の者全員の納税義務が消滅する」とあるのですから、すなわち「印紙税法上の原則はあくまで原則でしかなく、一の納税義務者による一括納税を認める」と言っているものと解されます。

ご質問のケースを素直にそのまま解釈すれば、「印紙税法上の原則に従わない企業に対しては“ペナルティ”を課す目的で損金算入を認めない」と言われているように見えますが、先の通達から判断すればそのようなことはありえない＝通常通り租税公課としても良い、と考えるのが普通でしょう。
なお、印紙税に関し同法の定めによる過怠税が課される場合は、元の印紙税額を含めて全額損金不算入となります（法人税法第55条3項1号）が、印紙税関連で損金不参入について言及している法令はこれだけのように思います。

以上、ご参考として下さい。

詳しいご回答、ありがとうございます。
この回答からすると、確かに理解出来ます。
しかし、ちょっと質問に言葉足らずがございました。
請け書は、下請け業者で作成しますが、当社より印紙を差し上げて割り印を押して頂きました。
つまり、現金同等物を差し上げていると同様の行為です。
このようなケースでも、租税公課として損金経理してもよいかと思うところです。

今回の場合、「差し上げる」というのは単に行為のことを述べているだけであり、実態（目的）としては「当該課税文書への収入印紙の貼付を指示している」にすぎないものと考えます。
また、印紙税法上の「作成者」というのはこれも単に作成する（文書を調製・編纂する等の）行為を言っているのではなく、そこに契約主体としての貴社名、代表者名等があれば貴社が共同で作成したものとみなされます。

よって、印紙を貼付する手段はどうであれ、貴社が印紙を購入して貼付の指示をしているだけであって、最終的に納税しているのは貴社ということになります。（仮に今回のケースで請負元が租税公課の処理をしていれば請負元の不法行為が問題となります。）
先の通達においても「2以上の者が共同して作成した課税文書にはり付けた印紙を法第8条《印紙による納付等》第2項の規定により消す場合には、作成者のうちの一の者が消すこととしても差し支えない。」（第65条）としており、今回のケースにおいて注文主・請負元どちらが消印しなければならないという定めはありません。

すなわち整理すると、

・印紙税の納税は法人税法上の損金処理をしてもよい。
・当該税負担は「作成者」のいずれかが行っても印紙税法上の問題はない。
・当該印紙への消印は「作成者」のいずれが行っても印紙税法上の問題はない。

となりますから、あまり気にせずに貴社は通常の租税公課処理を行えば良いものと思います。
重ねてとなりますがご心配であれば管轄税務署にご確認ください。

横から失礼します。

あとから読む人のために内容を注記しておきたいとおもいます。

請負契約において書面作成するに２パターンあり、
１：請負契約書２通作成各１部保持ですと、共同作成文書にあたり双方連帯して納税義務がありますが、

２：請書ですと、請負者が発注者に差し入れる書面のことで共同作成にあたらず、請負者の作成文書で納税義務は請負者のみに課せられます。

質問は後者においての質問だとお見受けします。最後までお読みいただいた質問者さんには失礼ながら、税務署に確認されてください。

いつかいり様

修正ありがとうございました。
当方、完全に請負契約書のことしか頭になく見落としておりました。
確かにご質問者のケースは注文書⇔請書のことでしたね。

いずれにしても実務については税務署に確認することが解決の早道と思います。