マイカー通勤に関する就業規則

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基本的にベストサポートiwami行政書士事務所さんのご指摘の通りだと思います。
すでに御社では「マイカー通勤を制限する規程」を新たに作成されたのですよね？
すでにこのサイトでもマーカー通勤に関するQ&Aが何度も掲載され、新米カチョーさんもたぶんそれらを参照済みと思います。
就業規則には、マイカーによる通勤は「マイカー通勤に関する規程」に基づく、
という主旨があれば十分と思います。
ご質問の主旨が今ひとつ理解できていないと思いますが、就業規則には細かい規則は明記せず、新しく作成した規程に詳細を定めているものと思いますが、そのうえで就業規則に定めるべきものに何があるか確認されたいということでしょうか？
マイカー通勤で事故を起こせば、被害者は補償能力のある御社に賠償請求をしてくることが予想されます。そのときに十分な任意保険に入ることを義務付けていないと御社の責任を問われることにもなります。マイカー通勤を許可するうえでは任意保険に入ることは一般的に常識の範疇です。

新米カチョー さん お疲れさんです。

お二方からのご意見に追記させていただきます。
多少とも厳しい意見かもしれませんが、マイカー通勤に関しては、就業規則、通勤手当支給規則及びマイカー通勤等通勤に関する規則等で、社員への安全管理姿勢を求めることも必よ言うでしょう。
企業の就業形態、工場など公共交通機関など充分でないとすれば、企業としては全社員への安全管理姿勢を求める必要から、その交通手段使用時にはそれらに関する許可申請と承認行為を求めることが必要でしょう。
もちろん、それら、自動車保険、整備点検などの方向等がなければ、就業禁止に関する懲罰動議を求めることも必要でしょう。
これらの甲については当然のこと労使双方の話し合いの上、合意文書を求めて社員への開示も必要と思います。
ここでは、社外からの意見とともに社内労使等による意見なども求めることが必要でしょう。