２ヵ所で働いておられる方の通勤手当について

> 非常勤のパートタイムの方の採用をすることになりました。
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> その方は当社では週３日勤務される予定で、以前より他の会社で週４日働いているとの事です。
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> 他の会社というのが当社と最寄り駅が同じで、その方は既に他の会社から支払われている通勤手当で自宅最寄駅からの通勤定期券を購入しているとの事。
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> そのような方に通勤手当を支給することは法的には問題ありませんか？
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> ちなみに他の会社から支払われている通勤手当の額だけでは定期券購入の額には届かず、不足分はその方が負担していたそうです。それもあって、当社からは是非とも通勤手当を支払ってほしいとの事ですが、当然週３日勤務分の通勤手当を支払うとその方にとっては通勤定期券代＋αの額を支払うことになってしまいます。
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> 当社としては給与規定で決められている額を支払うだけなので、その方が多少のプラスが出ようが構わないのですが、気になるのは通勤手当が非課税という事です。
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> 悪い見方をすれば「脱税」という事になるのでしょうか？
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> それらを含めて通勤手当をどのように払うのが良いのかお教え下さい。

余り詳しくはありませんが、実際に使用した金額より多くなった分は、課税対象となり所得税が発生しますので、確定申告等で申告する必要が出てくると思われます。詳しくは税務署や経理事務所に問い合わせてください。