配偶者控除、扶養手当について

> 現在、自分の会社から妻がパート(年収100万弱)のため、会社から扶養手当をもらい、
> 年末調整で配偶者控除の手続きもしてきました。
>
> しかし、今年妻が株式投資の収入(申告分離課税)で50万ほど利益をだしてしまい、
> どうやら、手続きがややこしいことになってしまうことがわかりました。
> 喜んでいたのもつかの間です。
> 国民年金の出費が増えたり、住民税が増えたりとなんだかなぁって状態です。
> とりあえず、今年中に申告分離課税から特別口座の源泉徴収切り替える予定です。
>
> そこで教えていただきたいのですが、
> ①今年の年末調整では、妻の配偶者控除の欄に
> 「合計所得金額が76万円以上の場合」にチェックをいれ、この欄は空白でいいのでしょうか？

年末調整は、１２月末日現在において、その年の１年間の結果のみで判断します。
所得が超えるようであれば、そのようにご記入ください。

> ②もし、上記がそれでいいのであれば、翌年分だけ(2015年1月～12月分)扶養から外れるという> 解釈でよろしいのでしょうか？
違います。
年末調整は、来年分の申告ではなく、ことしの２０１４年の年末調整時に奥様が配偶者控除、配偶者特別控除の対象となる配偶者であるかを申告しますので、２０１４年の１年間において扶養にならないということになります。
２０１５年において、収入が減少する予定であれば、2015年分の扶養控除申告書には奥様の名前を記入することになります。

> ③扶養手当はいつからいつまでが出ないということになるのでしょうか？
> 翌年分だけ(2015年1月～12月分)扶養手当がでないと思っておりますが間違いでしょうか？

扶養手当については、支給要件が会社ごと異なります。法律で定められているものではありませんので、会社の規定によって支給されています。
就業規則および賃金規定等をご確認ください。不明な点は会社の担当者にご相談ください。

> ④再度、会社に扶養手当の件でお願いするときは、どのタイミング(時期)で言えば良いのでしょうか？

こちらも会社にご相談ください。

所得税についての質問でしたが、健康保険、厚生年金においても収入基準があり、扶養家族から外れてしまったり、国民年金第3号被保険者になれない場合もあります。
投資ということですが、健康保険の扶養家族の収入においては恒常的な収入を全て含めるとしていますので、投資で得る収入が恒常的なものであれば、健康保険の扶養家族から外す手続きも必要です。
国民年金だけでなく、国民健康保険料の負担も必要となるでしょう。
会社にご確認ください。

さっそくの返信ありがとうございます。
なんだか、手続きもいろいろしなくてはいけなくなり、
金銭面でも負担が増え、いい勉強させていただきました。
扶養手当の件や国民年金などについては早速会社に確認してみたいと思います。
ありがとうございました。