税務調査で追徴課税された分の処理

> 夫１人会社の経理を手伝っています。
> 初めて税務調査が入り、前期に計上した商品廃棄400万が廃棄証明に不備があったということで認められず追徴課税、修正申告をし支払ました。
> 今期の処理ですが、廃棄は実際にしているので、証明をきちんと入手し、期首棚卸を廃棄前金額にし、改めて雑損というかたちで処理していいのか、それとも一旦決算処理してしまった分は前期損益修正で処理するのか、だとしたらどんなかたちで、かわかりません。
> お教えいただければと思います。



既に解決しているかもしれませんが、解答がまだなようですので、参考までに記載いたします。

ご質問の税務調査の否認事項について、質問の記載内容からは詳しい状況が分かりませんので（なぜ、書類不備だけで否認したのか・・実際の廃棄日とは違ったのか・・・？）、処理方法について、２つ記載してみます。

１．会社の帳簿も訂正する場合の仕訳
　否認された分
　　棚卸資産(商品等)　４００　　　前期損益修正益　４００
　
　再度、損金経理する時
　　商品等廃棄損　　　４００　　　棚卸資産(商品等)　４００

２．帳簿は訂正しない場合

　　税務申告書だけで、今期、前期否認額の認容により、所得金額を減額して申告する。

いずれにしても、調査内容等を含め顧問税理士等に一度確認された方が良いと思いますが・・・

尚、質問の理解が間違っていましたらご容赦ください。
では、参考までに