間違って扶養手続きをしていた

協会けんぽの適用事業所だと、チェックが入りますので、２重に保険証を発行するということはないのですが。。。。（本人が被保険者である以上、被扶養者になれないため）
組合と協会では、情報共有されていない部分もあるので、保険証が発行されてしまうこともあります。

まずは、厚生年金のご確認を。。。奥様が厚生年金の被保険者でありながら、第３号被保険者の手続きをしたのであれば、チェックされるはずなのですが、、、奥様には第３号被保険者になったという通知が届いているはずです。。。
第３号という手続きがされているのに、厚生年金の資格喪失手続がされてない時点で矛盾が生じます。
その確認をしてから、諸手続きの方法を確認してみてください。

あと、被扶養者としての健康保険証を使っていないことを確認して下ださい。従業員がもらったことすら忘れているようですが、、、２枚の健康保険証を持っていることになりますから、間違って被扶養者用の健康保険証を使っている場合は、精算することになります。

ご回答ありがとうございます。
> 協会けんぽの適用事業所だと、チェックが入りますので、２重に保険証を発行するということはないのですが。。。。（本人が被保険者である以上、被扶養者になれないため）

上記の件は私も思いました。ただ社員が青い方の保険証と言っていたので、奥さんは協会けんぽ以外で保険に入っているのかもしれません。

> まずは、厚生年金のご確認を。。。奥様が厚生年金の被保険者でありながら、第３号被保険者の手続きをしたのであれば、チェックされるはずなのですが、、、奥様には第３号被保険者になったという通知が届いているはずです。。。

上記のチェックは社労士に確認してみます。

ありがとうございました。