非課税世帯で年金受給中のパートの年末調整について

給与所得以外の所得がある場合に、確定申告をするように言うのは、良いことだと思います。

ただし、申告が必要かどうかは、税務署等で確認して、必要であれば申告してもらい（医療費控除などなど）、不要であれば、申告無しでも問題ないということになります。

公的年金受給者における、申告不要制度がありますが、、年金額をすべて確認して不要かどうか確認するのは、会社ではなく、本人が判断してもらえばよいと思います。

確定申告が不要であっても、住民税の申告が必要になる場合も有ります。
個々に対応する必要はないと思いますので、詳しくは、それぞれの官庁（税務署、市区町村役場）に確信してもらうよう、案内をしておけばよいでしょう。

税務署ＨＰ
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1600.htm

ＨＰより抜粋・・・・
(1) 公的年金等に係る雑所得の金額から所得控除を差し引くと残額がある方は、確定申告で税額を精算することとなります。
(2) 公的年金等に係る確定申告不要制度
 平成23年分以後は、その年において公的年金等に係る雑所得を有する居住者で、その年中の公的年金等の収入金額が400万円以下であり、かつ、その年分の公的年金等に係る雑所得以外の所得金額が20万円以下である場合には確定申告の必要はありません。
(注1) この場合であっても、例えば、医療費控除による所得税の還付を受けるための確定申告をすることができます。
(注2) 公的年金等以外の所得金額が20万円以下で確定申告の必要がない場合であっても、住民税の申告が必要な場合があります。

根本的な話ですが、年末調整する・しないというのと、
その人がどういった立場であるか（年金を受けてるとか
副業してるとか）というのは全然別次元の話です。

扶養控除等申告書の提出があるかどうか、それが全てです。
年金受給者であっても申告書の提出があれば年調対象ですし、
年金とか全く関係ないひとであっても申告書の提出が
なければ年調不可、自分で確定申告をしてもらうものです。


> 非課税世帯で年金収入も少なかったことから、わざわざ確定申告をしに
> 来なくても、会社で年末調整をやってもらったらいいのにと
> 税務署の方から言われたと、今回の年調の準備時点で
> そのパートさんから話がありました。

これは税務署担当者の目線でしゃべるなら、
「扶養控除等申告書を出してれば、ご足労いただかなくとも
　済んだところなのに・・・」という意図の発言です。
この点に限っていうなら、税務署は会社を責めているとかではなく
税務関係の知識が不足している本人さんが、自分に有利な
手段をとってないことを言及しているという話です。　
（本人さんにしてみれば、会社の指示でやってるのに
　なんでやねん！　というところでしょうが）


> こちらとしては、パートさん皆さんに非課税であろうとなかろうと
> 年金受給者には確定申告をして頂いているのですが、
> 非課税世帯で、そのほかの収入を考慮してもやはり課税には
> 至らないと判断された場合、会社側で対応すべきなのでしょうか。
> 当方としては、年調で対応する以外の収入に対してまで
> 責任は取りかねるというところもあります。

これは全般を思い違いされています。
年調するかどうか、普段の給与処理を甲欄にするか
どうかは申告の有無次第、これがすべてです。
当然に、その本人さんの収入状況がどうあるかについて
会社側が関知する余地はありませんし、これに絡んで
何か責任が発生することも、そもそもありません。

敢えて問題としてあげるなら、年金受給者に適切に
選択肢を与えていなかった点それ自体が
問題であろうというところです。