退職願の提出について

私なら。

　上司に電話して、『お忙しいようなので、退職願いを会社に送る』旨を伝えてから郵送。
おそらく上司に人事権はないと思うので、相手は社長あてに親展で送ります。
慰留の手段として、上司が『見ていない』と抗弁すれば面倒です。
なお、内容証明ではなく、簡易書留か配達証明に留めます。

　内容証明は、原則的に『相手に通告したぞ！』『知らないとは言わせないぞ！』の意ですから、
紛争状態で無い限り、避けたほうが無難かと思うのですが。

ありがとうございます。
　
　上司（＝社長）宛てに会社へ『親展』で郵送しました。
　内容証明でも、配達証明でもなく、配達記録郵便という形で郵送しました。
　
　入れ違いに、会社より退職手続きについて連絡がありましたので、その時に「申し訳ありませんが、退職願いを郵送した」旨を伝えました。