有給休暇を超えて休む社員

> うちの会社は、研究開発の人間が労務管理を厳しくされるのを好まないので、勤務の管理を厳しく行っておりません。
> 労使協定を結んだ上で裁量労働制を採用しております。
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> 今までは体調不良などの急な当日の休みも、社内の共有スケジュール（サイボウ○）の自分のスケジュール部分に「休み」などと記入して、後日有休申請でもOKとしてきました。
> 今までは、それでも忙しい時には休まずにみんな周囲の状況をきちんと考えて休暇を取ってくれていたので問題がありませんでした。
> ですが、去年入社した者が同じように休むのですが、納期がさしせまっている今日も、同じようにして休んでいます。
> 体調不良ではありません（明日及び来週の月曜にもすでに休みの記入あり）。
> 有休は1月に付与した分もすべて消化しきってありません。
> もちろん彼の分の仕事が無いわけではないのです。
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> 有休が無いのに体調不良でもなく休む人間に、休むなと言うことはできるでしょうか？
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> それから、こういう場合に勝手に休むなと言うには、今後勤怠管理を厳しくしていくしかないのでしょうか？
> 他の人間は今までの方法で問題が無いので、彼だけ厳しくというわけにはいかないですよね。。。
「納期が迫っている」となっていますが、その人も研究開発の
人でしょうか?おわかりのことと思いますが専門型は会社全体に適用する必要はありませんので念のため
労使協定の内容によりますが、一般的には
有給休暇がないなら欠勤扱いになると思います
今後勤怠管理を厳しくするというよりも、今がゆるすぎですので普通にされたらいかがでしょうか?