JA共済の地震保険料控除対象掛金証明書について

はい、私も質問者さまと同じ認識です。

平成30年分の保険料控除申告書裏面の説明を抜粋します。
（裏面左下の地震保険料等の説明の枠内中央よりやや下、「ただし、」の部分です）
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　ただし、一つの損害保険契約等が、地震等損害により保険金や共済金
が支払われる損害保険契約等と長期損害保険契約等のいずれの契約区分
にも該当する場合には、選択によりいずれか一方の契約区分にのみ該当
するものとして、地震保険料控除の控除額を計算します。
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要するに１枚の証明書に地震保険料と旧長期損害保険料が両方記載されている場合はどちらか一方（計算して特になる方）を選択することができるということです。

どちらか一方ですから両方を選択することはできません。

回答を投稿し終わってから思い出したことがあります。

以前扱ったJA共済の建更で同じように１枚の証明書に地震保険料と旧長期損害保険料が両方記載された証明書を提出してきた方がいましたが、そのときは全く同じ内容の証明書を２枚提出してきました。

JA共済に電話で確認した際に「１枚の証明書は地震保険料で、もう１枚は旧長期で使用してくだされば両方の控除ができます」という回答をいただき、そのように処理しました。

今回ももしかしたら同内容の証明書を２枚提出していませんか？
あるいは１枚はまだ自宅に保管しているのなら早急に提出していただくように案内してみてはいかがでしょう。