株式の引き取りについて

M＆A、企業買収、組織再編などの専門的な話だけではなく
通常の流れから外れた（引き取り＝譲渡を拒否された）場合を想定し準備するのであれば、この内容では情報が少な過ぎます。
回答するのもリスクを感じてしまいますし専門家に直接相談すべき事案と考えます。

合流とはどんな形態なのか
A社と御社の資本関係（比率だけではなく株主構成など詳細に）
現時点でA社の「合流」に反対（不承認）の意向なのか　等々
これらから考えて相当難度の高い問題が想定されているのであれば。
その想定が社内で検討するに不十分であれば尚更経験値の高い専門家へ行かれるべきでしょう。

早速のご返信ありがとうございます。
本件は、某大手企業が関連会社及び取引の深い会社をまとめて、新会社を
設立するにあたり、Ａ社もそこに吸収される形で合流するものです。
弊社の株主構成は、資本金３０００万円、内、自己株式１０００万円、Ａ社所有株式１０００万円、弊社取締役所有株式７００万円、他１社所有株式３００万円です。Ａ社の合流を反対する立場ではありませんが、Ａ社が弊社の株式を所有したままの合流を避けたく、この機に自己株式として全て引き取りたいと考えている次第です。
ご教示よろしくお願い申し上げます。

私が２．３列挙したのは開示されるべき事項のうちのホンの僅かでして
検討することが簡単なことでないことをお示ししたものです。
大企業ならずとも新設合併・吸収合併などにより会社を支配下に置くためには
恐らくすでに基本合意書などを締結し詳細な資産評価も進めていると考えます。
それに当たり御社の株式を如何にするかも決められていると思われ
その前に親会社（どのような親子関係かも重要です、通り一遍の説明ではなく。）から通告打診のようなものがある関係なのか御社の意向など聴くべき話と考えていないのか。
それなら「合流」前に自己株式化することは、A社からみれば基本合意に反した資産の流出行為になるわけで、合流後の交渉になるか、支配権を減少させるための方策に出るのかなどを検討すことでしょうね。
ご相談者の社内的立場は分かりませんが、事態に対して組織として本気ならば速やかに専門家の元を訪ねられることをお勧めしております。
通常行われている無料相談で妙案をいただこうとせずお近くの専門家にアポを取り真剣に依頼されるべきですよ、電話等ではなく直接資料等を示しながら。

ご丁寧なアドバイス、有難うございました。

実行されようとしている企業統合の中で御社の価値を如何に見ているかがポイントになろうかと考えます。
単に御社に売却してA社の資産の形を変えても問題ないと考えているのであれば
それは統合後の取引等において御社は左程有用ではないと捉えられていることになるでしょう。
御社に対する親会社の影響力、取引・人事交流など、A社を取り込むことで御社も統合価値を高めるに一役買え得る企業価値を認めていれば株式は手放さないはず。
御社がその輪から抜けたいと思われる要因なども検討の基礎に上げるべきですね。

久しぶりに回答したのですが、企業価値を高めることもあれば飲み込まれることもある重要なターニングポイントだと感じましたので、多少冷たい感じになっていましたらお詫びいたします。私は「する」側で法的に動いておりましたし当然双方に良かれと思う気持ちでおりました。結果的に互いに良かったことも多かったですよ。
ご参考まで

重ねてのアドバイス感謝致します。
有難うございました。

もう一点、お尋ねします。
Ａ社が弊社の株式を所有したまま、別企業により新たに設立される企業へ合流するこのケースの場合、「第三者への譲渡」という受け止めは成り立たないのでしょうか。

お尋ねの点は一応考えに入れておりました

相続、合併、会社分割等は「一般承継」に当たると理解されており、「譲渡」には該当しないという解釈のはずです。
そのため、一般承継による株式の取得は「譲渡」に当たらず、承認不要であると判断しています。

有難うございました。
大変、参考になりました。