"高速料金含む"の場合の処理について

こんにちは。

貴社がどのように請求するのか、ではないでしょうか。
貴社が要した高速代金を含めて売り上げとして請求するのであれば、売上としての計上になるでしょうし、売上と分けて立替分とするのであれば請求として売上分と立替分との請求になるかと思います。


> 今月100万の売上（消費税なし、高速料金含む）で、今月の高速料金の請求額が10万だと、差し引いて90万に対する消費税を収めることでいいのでしょうか？

どのように請求するのかについては、そもそもの貴社と相手方との契約内容による、としか言えないと思います。



> 高速料金を含む仕事の場合、高速料金には消費税をかけずに実費で請求し、合計請求額を売上にする
> ETCの支払いを全額経費にすると、消費税分を損しているといったことはありませんか？
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> 今月100万の売上（消費税なし、高速料金含む）で、今月の高速料金の請求額が10万だと、差し引いて90万に対する消費税を収めることでいいのでしょうか？

ご質問の件は、決算の際の貸借対照表を思い浮かべていただくと分かりやすいと思います。
BSでは負債側に借受消費税の欄があり、資産側に仮払消費税の欄がありますね。
そして、この差額を納税していますね。

つまり、客先に請求した消費税と仕入れや経費で支払った消費税は一対一にならない場合が多いので別々に考えて、取りすぎや損がないようにすればよいと思います。

まず客先への請求ですが、ご記載の通り内訳に運賃と通行料をそれぞれ明記すれば、請求書の記述としては、運賃90万円（消費税別途）、通行料10万円（消費税込み）と計上し、合計請求額は運賃90万円＋消費税9万円＋通行料10万円の合計109万円となります。
この場合の記者が借受した消費税は、90,000円＋9,090円＝99,090円となります。（9,090円=100,000－100,000÷1.1）

そして、仮払消費税は9,090円となりますので、差し引き90,000円の消費税の納税となります。

一方、客先から「内訳不問で経費全部込み100万円」という契約で請け負った場合、請求書は内訳を記さずに運賃一式100万円となり、それに消費税を掛けますから請求額は110万円で、借受消費税が10万円となります。

このときも実際の経費は10万円（税込み）の通行料なので仮払消費税は9,090円なので、貴社が納税するべき消費税は90,910円となります。

こう見ると、内訳なしの請求の場合、貴社が910円多く納税することになりますが、この910円は客先から受け取っているため、貴社の持ち出しとはなっていません。

つまり、客先よりどのような条件で受注するかを取り決めれば、あとは条件どおり消費税を計上すればよいだけで、一方で、かかった経費はそれ通りに消費税を払えばよいだけです。

よくあるパターンとして、通行料込みで100万円の契約ただし内訳はお任せの場合、色々な手法を用いて通行料を節約した場合でも100万円の請求ができますので、貴社の経費削減努力が利益増につながります。
一方で、予算100万円ですが、そのうちの運賃は90万円固定で想定通行料が10万円、ただし、精算は実費の場合、貴社では経費（通行料）削減努力ができないので、または、通行料削減努力をした場合でもそれはお客様側のメリットにしかなりません。

以上のようになりますので、契約通りに計上すれば、決して貴社が余分に消費税を負担することになりません。