こんにちは。
どなたからもお話しが出てないようですが。
通勤費の支給のついては、就業規則>その他手当の支給などで決める場合がほとんどです。
アルバイト、パートさんなどは、週の労働時間(日数)などで月または一日当たりの限度額などで決める場合があります。
お話しでは、契約上1,000円とのことですからその金額か、会社として単独契約者として1200円とするか、パート労働契約で決めるかにかかると思います。
あくまで会社と、パートさんの\との話し合いになるかもと。
ただ、契約条件を労働者ごととするとその後の管理が大変になることもあります。