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税務管理

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確定申告の期限を過ぎてから年末調整の誤りが発覚した場合

著者 にしこ さん

最終更新日:2025年04月08日 15:03

いつもお世話になっております。

確定申告は3月15日までですが、それを過ぎてから給与計算に誤りがあることが発覚しました。
その場合はどういった手続きを行えばよろしいでしょうか。
ご経験のある方教えてください。

具体的には本人への給与額に誤りはないのですが
勤怠を締めて給与に反映させる際に前月に上書き登録してしまったため
年末調整の額に影響がありました。

再計算を行ったところ多い人で250円、少ない人で40円程度の徴収または返金が発生する状態です。

給与支払報告書の訂正届は電子申告したら特にエラーや問い合わせもないので、通ってしまったようです。
なので確定申告していない従業員はそのままで問題なく
確定申告をしていた従業員は自身で修正申告をしてもらう
と、考えているのですが問題ありませんか?
従業員ではなく一部です。
10名程度なのですが、会社で修正申告する方法があったりするのでしょうか?
調べると従業員修正申告してもらうのが一般的と出ては来るのですが・・・
少額なので修正申告しても大きな金額にはならないと思うのですが、その場合でも遅延金的な物が請求されることあるのでしょうか。
「請求される場合があります」という書き方が目立っていたので、悪質でない限りは免除でしょうか・・・?

拙い文書で申し訳ございません。
何卒よろしくお願いいたします。




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Re: 確定申告の期限を過ぎてから年末調整の誤りが発覚した場合

著者ぴぃちんさん

2025年04月08日 22:23

こんばんは。

状況的には確定申告の内容がわかりませんので、会社から交付された源泉徴収票に誤りがあり、新たに源泉徴収票を交付されたのであるがどのようにしたらよいのかについて、個別に所轄の税務署に確認していただくように案内するしかないと思います。

同様の事例がないので会社側から税務署に問い合わせた際にどのようにお返事がいただけるのかわかりませんので、貴社から税務署に確認して対応をどのようにしたらよいのかを確認し、その内容を周知できるのであればされてもよいかと思います。

所得税については端数もありますので、申告期限から近い時期であれば延滞税はかからないこともありますが、その方が納付すべき税額がいくらかがわかりませんので、その点も税務署に確認していただかないとわからないでしょう。

そもそもの年末調整を誤ること自体が責任問題としては大きいかと思います。
貴社においてどうしてそのような事態が生じたのか確認していただき、決して再発のないように対策をおこなってください。



> いつもお世話になっております。
>
> 確定申告は3月15日までですが、それを過ぎてから給与計算に誤りがあることが発覚しました。
> その場合はどういった手続きを行えばよろしいでしょうか。
> ご経験のある方教えてください。
>
> 具体的には本人への給与額に誤りはないのですが
> 勤怠を締めて給与に反映させる際に前月に上書き登録してしまったため
> 年末調整の額に影響がありました。
>
> 再計算を行ったところ多い人で250円、少ない人で40円程度の徴収または返金が発生する状態です。
>
> 給与支払報告書の訂正届は電子申告したら特にエラーや問い合わせもないので、通ってしまったようです。
> なので確定申告していない従業員はそのままで問題なく
> 確定申告をしていた従業員は自身で修正申告をしてもらう
> と、考えているのですが問題ありませんか?
> 全従業員ではなく一部です。
> 10名程度なのですが、会社で修正申告する方法があったりするのでしょうか?
> 調べると従業員修正申告してもらうのが一般的と出ては来るのですが・・・
> 少額なので修正申告しても大きな金額にはならないと思うのですが、その場合でも遅延金的な物が請求されることあるのでしょうか。
> 「請求される場合があります」という書き方が目立っていたので、悪質でない限りは免除でしょうか・・・?
>
> 拙い文書で申し訳ございません。
> 何卒よろしくお願いいたします。
>

Re: 確定申告の期限を過ぎてから年末調整の誤りが発覚した場合

著者tonさん

2025年04月09日 14:37

> いつもお世話になっております。
>
> 確定申告は3月15日までですが、それを過ぎてから給与計算に誤りがあることが発覚しました。
> その場合はどういった手続きを行えばよろしいでしょうか。
> ご経験のある方教えてください。
>
> 具体的には本人への給与額に誤りはないのですが
> 勤怠を締めて給与に反映させる際に前月に上書き登録してしまったため
> 年末調整の額に影響がありました。
>
> 再計算を行ったところ多い人で250円、少ない人で40円程度の徴収または返金が発生する状態です。
>
> 給与支払報告書の訂正届は電子申告したら特にエラーや問い合わせもないので、通ってしまったようです。
> なので確定申告していない従業員はそのままで問題なく
> 確定申告をしていた従業員は自身で修正申告をしてもらう
> と、考えているのですが問題ありませんか?
> 全従業員ではなく一部です。
> 10名程度なのですが、会社で修正申告する方法があったりするのでしょうか?
> 調べると従業員修正申告してもらうのが一般的と出ては来るのですが・・・
> 少額なので修正申告しても大きな金額にはならないと思うのですが、その場合でも遅延金的な物が請求されることあるのでしょうか。
> 「請求される場合があります」という書き方が目立っていたので、悪質でない限りは免除でしょうか・・・?
>
> 拙い文書で申し訳ございません。
> 何卒よろしくお願いいたします。


こんにちは。私見ですが…
再年調が必要な職員をまず確定しましょう
その職員のうち本人が別途確定申告をしているなら再年調はせずに
本人に説明しましょう
確申ですべての所得税清算が終了しますので給与や所得控除に
変更がなければ税額は清算されます
再年調で再度確申をお願いするより源泉は間違ったが
確申で清算されていることを説明しましょう
確定申告をしていない職員のみ再年調で対応しましょう
年調の間違いは仕方ないです
ただ4月に発覚というのは遅すぎますね
間違いに気づいた経緯も含めて今後の対策は必要でしょう
まずは上司に相談を
後はご判断ください
とりあえず

Re: 確定申告の期限を過ぎてから年末調整の誤りが発覚した場合

著者にしこさん

2025年04月10日 09:00

> こんばんは。
>
> 状況的には確定申告の内容がわかりませんので、会社から交付された源泉徴収票に誤りがあり、新たに源泉徴収票を交付されたのであるがどのようにしたらよいのかについて、個別に所轄の税務署に確認していただくように案内するしかないと思います。
>
> 同様の事例がないので会社側から税務署に問い合わせた際にどのようにお返事がいただけるのかわかりませんので、貴社から税務署に確認して対応をどのようにしたらよいのかを確認し、その内容を周知できるのであればされてもよいかと思います。
>
> 所得税については端数もありますので、申告期限から近い時期であれば延滞税はかからないこともありますが、その方が納付すべき税額がいくらかがわかりませんので、その点も税務署に確認していただかないとわからないでしょう。
>
> そもそもの年末調整を誤ること自体が責任問題としては大きいかと思います。
> 貴社においてどうしてそのような事態が生じたのか確認していただき、決して再発のないように対策をおこなってください。
>
>
>
> > いつもお世話になっております。
> >
> > 確定申告は3月15日までですが、それを過ぎてから給与計算に誤りがあることが発覚しました。
> > その場合はどういった手続きを行えばよろしいでしょうか。
> > ご経験のある方教えてください。
> >
> > 具体的には本人への給与額に誤りはないのですが
> > 勤怠を締めて給与に反映させる際に前月に上書き登録してしまったため
> > 年末調整の額に影響がありました。
> >
> > 再計算を行ったところ多い人で250円、少ない人で40円程度の徴収または返金が発生する状態です。
> >
> > 給与支払報告書の訂正届は電子申告したら特にエラーや問い合わせもないので、通ってしまったようです。
> > なので確定申告していない従業員はそのままで問題なく
> > 確定申告をしていた従業員は自身で修正申告をしてもらう
> > と、考えているのですが問題ありませんか?
> > 全従業員ではなく一部です。
> > 10名程度なのですが、会社で修正申告する方法があったりするのでしょうか?
> > 調べると従業員修正申告してもらうのが一般的と出ては来るのですが・・・
> > 少額なので修正申告しても大きな金額にはならないと思うのですが、その場合でも遅延金的な物が請求されることあるのでしょうか。
> > 「請求される場合があります」という書き方が目立っていたので、悪質でない限りは免除でしょうか・・・?
> >
> > 拙い文書で申し訳ございません。
> > 何卒よろしくお願いいたします。
> >

ぴぃちん様
お世話になります。
ご回答いただきありがとうございました。
アドバイスいただいたとおり、会社の管轄の税務署に確認してみようと思います。
また対象者の区役所にも確認し給与支払報告書が間違いなく修正で通っているかも確認してみようと思います。
ミスについて責任問題が重いとのこと、その通りではあるのですが殆ど一人で庶務総務を対応している状態のため気づいてくれる人が他にいないことが問題だと感じています。
私としては、確認をその時はきちんと行っており間違いはない、と思いながら進めているつもりなのですが、後から「あれ?なんでここ間違えてるんだろ?」ってことが本件以外にも増えてきております。
自分で思っているよりもいっぱいいっぱいなのかもしれません・・・。
とはいえ、従業員の皆さんに私の都合は関係無いので業務の進め方を今一度改めてまいります。
この度はアドバイスいただきありがとうございました。

Re: 確定申告の期限を過ぎてから年末調整の誤りが発覚した場合

著者にしこさん

2025年04月10日 09:10

> > いつもお世話になっております。
> >
> > 確定申告は3月15日までですが、それを過ぎてから給与計算に誤りがあることが発覚しました。
> > その場合はどういった手続きを行えばよろしいでしょうか。
> > ご経験のある方教えてください。
> >
> > 具体的には本人への給与額に誤りはないのですが
> > 勤怠を締めて給与に反映させる際に前月に上書き登録してしまったため
> > 年末調整の額に影響がありました。
> >
> > 再計算を行ったところ多い人で250円、少ない人で40円程度の徴収または返金が発生する状態です。
> >
> > 給与支払報告書の訂正届は電子申告したら特にエラーや問い合わせもないので、通ってしまったようです。
> > なので確定申告していない従業員はそのままで問題なく
> > 確定申告をしていた従業員は自身で修正申告をしてもらう
> > と、考えているのですが問題ありませんか?
> > 全従業員ではなく一部です。
> > 10名程度なのですが、会社で修正申告する方法があったりするのでしょうか?
> > 調べると従業員修正申告してもらうのが一般的と出ては来るのですが・・・
> > 少額なので修正申告しても大きな金額にはならないと思うのですが、その場合でも遅延金的な物が請求されることあるのでしょうか。
> > 「請求される場合があります」という書き方が目立っていたので、悪質でない限りは免除でしょうか・・・?
> >
> > 拙い文書で申し訳ございません。
> > 何卒よろしくお願いいたします。
>
>
> こんにちは。私見ですが…
> 再年調が必要な職員をまず確定しましょう
> その職員のうち本人が別途確定申告をしているなら再年調はせずに
> 本人に説明しましょう
> 確申ですべての所得税清算が終了しますので給与や所得控除に
> 変更がなければ税額は清算されます
> 再年調で再度確申をお願いするより源泉は間違ったが
> 確申で清算されていることを説明しましょう
> 確定申告をしていない職員のみ再年調で対応しましょう
> 年調の間違いは仕方ないです
> ただ4月に発覚というのは遅すぎますね
> 間違いに気づいた経緯も含めて今後の対策は必要でしょう
> まずは上司に相談を
> 後はご判断ください
> とりあえず
>

ton様
お世話になります。
ご回答いただきありがとうございました。
アドバイスいただいた手順で進めて問題がないかを会社管轄の税務署に確認してみようと思います。
本当は対象者本人の税務署の方がいいのかもしれませんが、会社が提出した法定調書にも影響があるのかついでに確認してみようと思います。
また「年調の間違いは仕方ないです」との言葉に気持ちが少し軽くなりました。
こんなミスしてしまって本当にショックな状態で落ち込んでいたので。
3月末に気づいたのですが、いずれにしても3月15日の確定申告期限を過ぎていたため、4月給与で差額を徴収する方向で動いており、手順を改めて調べるのも今になっているという状況です。
もう少し早くに気づければよかったと後悔でいっぱいです。
上司にはミスの経緯を説明済みで、叱られたり怖い方では無いことは有難いのですが「まあミスは仕方ないから、自分でやっておいて」と言った感じの放任主義なので頼れなくてそれもまたしんどいです。
話が逸れて申し訳ございません。
これ以上遅れないよう、早めに税務署に確認し、対象者の皆さんに誠意をもって謝罪し対応していこうと思います。

Re: 確定申告の期限を過ぎてから年末調整の誤りが発覚した場合

著者にしこさん

2025年04月11日 10:12

本件について今後同じようなミスをしてしまった方がいた場合のためメモとして残しておきます。

税務署に確認したところ、
源泉徴収票を再交付して本人に確定申告をするように伝えてください
との回答でした。

遅延金等が掛かるかは金額によると思いますが
よほど高額でなければ発生しないでしょう
との回答でした。

会社に請求・納付依頼的なものが届くことはなく、確定申告を依頼したらあとはもう本人の手続きとのこと。


> いつもお世話になっております。
>
> 確定申告は3月15日までですが、それを過ぎてから給与計算に誤りがあることが発覚しました。
> その場合はどういった手続きを行えばよろしいでしょうか。
> ご経験のある方教えてください。
>
> 具体的には本人への給与額に誤りはないのですが
> 勤怠を締めて給与に反映させる際に前月に上書き登録してしまったため
> 年末調整の額に影響がありました。
>
> 再計算を行ったところ多い人で250円、少ない人で40円程度の徴収または返金が発生する状態です。
>
> 給与支払報告書の訂正届は電子申告したら特にエラーや問い合わせもないので、通ってしまったようです。
> なので確定申告していない従業員はそのままで問題なく
> 確定申告をしていた従業員は自身で修正申告をしてもらう
> と、考えているのですが問題ありませんか?
> 全従業員ではなく一部です。
> 10名程度なのですが、会社で修正申告する方法があったりするのでしょうか?
> 調べると従業員修正申告してもらうのが一般的と出ては来るのですが・・・
> 少額なので修正申告しても大きな金額にはならないと思うのですが、その場合でも遅延金的な物が請求されることあるのでしょうか。
> 「請求される場合があります」という書き方が目立っていたので、悪質でない限りは免除でしょうか・・・?
>
> 拙い文書で申し訳ございません。
> 何卒よろしくお願いいたします。
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