社会保険料がシステムと年金事務所で合わない

こんばんは。

よくあることではありません。きちんと給与計算されているのであれば、齟齬は生じないでしょうから、何故違うのかを確認して、給与支払いに誤りがあれば、すみやかに正す必要があると言えますね。
僅かが数円であれば端数処理かもしれませんし、それ以上であればそもそもの算定が正しいのかを確認が必要であるかと思いますので、すみやかに確認が必要であると考えます。



> 今まで前任者の処理が雑になっていたとこを直そうと色々見てるのですが、給与システムから出る「事業主負担保険料」の健康保険・介護保険・子ども子育て支援金・厚生年金・子ども子育て拠出金と、給与明細のそれら項目（預り金）の合計と
> 年金事務所から来る納入告知書の金額が僅かに違います
> 2ヶ月分検算してどちらもだったのですが、よくある事なのでしょうか？
> 端数処理の関係や入退社や申請のラグの関係？
> とりあえず納入告知額と預り金との差額を事業主負担として会計処理しようと思いますが

> 今まで前任者の処理が雑になっていたとこを直そうと色々見てるのですが、給与システムから出る「事業主負担保険料」の健康保険・介護保険・子ども子育て支援金・厚生年金・子ども子育て拠出金と、給与明細のそれら項目（預り金）の合計と
> 年金事務所から来る納入告知書の金額が僅かに違います
> 2ヶ月分検算してどちらもだったのですが、よくある事なのでしょうか？
> 端数処理の関係や入退社や申請のラグの関係？
> とりあえず納入告知額と預り金との差額を事業主負担として会計処理しようと思いますが

給与システムの事業主負担保険料＋給与明細の預り金合計と、年金事務所の納入告知額が数百円〜数千円レベルでズレるのはよくあることです。実務でも頻繁に起きますし、異常ではありません。

ズレが発生する主な理由
端数処理の違い
健康保険・厚生年金は標準報酬月額 × 料率で計算しますが、給与システムと年金事務所では端数処理のタイミングが異なることがあります。
特に厚生年金は料率が細かく、1円単位の誤差が積み上がりやすい。

入退社の資格取得・喪失の反映タイミング
給与システム側は会社が把握している在籍状況で計算しますが、年金事務所は届出が受理された月で計算します。
1ヶ月ズレるだけで数百〜数千円の差が出ることがあります。

子ども子育て拠出金の計算方法の違い
これも端数処理の位置が異なるとズレが出やすい項目です。

給与システムの設定ミスや前任者の処理の影響
標準報酬月額の更新が遅れていたり、資格喪失日が誤っていたりすると差額が出ます。

会計処理として妥当か

納入告知額と預り金との差額を事業主負担として処理する
これは実務上よく行われる方法で、問題ありません。

預り金は従業員から控除した確定額なので、
不足分を会社が負担するのは自然な処理です。

念のため確認しておくと安心なポイント
標準報酬月額が最新のものになっているか
入退社の資格取得・喪失日が正しいか
給与システムの保険料率が最新か
前任者が手動調整していた痕跡がないか

こんにちは

僅かにというのがどのくらいか分かりませんが、事業所による手続きの遅延や誤りがないかぎり、大きな誤差は生じないはずです。
あっても、被保険者数×１円程度の範囲かと。
手続きの遅延はやむを得ない場合もありますし、人の出入りが頻繁であれば、誤差の発生も頻繁になるでしょう。
何らかの変更があった月から数か月の累計で見たらほぼ一致しているということもあるかもしれません。
一度、精査する必要はあるでしょう。

（参考）日本年金機構　　保険料の計算方法について
https://www.nenkin.go.jp/service/kounen/hokenryo/nofu/20121026.html