前後が分からないので、はっきり言い切れませんが、「この今から取り交わす契約書の中に、もし法律や商慣習に違反している条項があっても、契約を成立させましょう」という意図だろうと思います。それでも、当事者のどちらかが、どうしても認められないと考えれば、異議を述べることができる、との断わり書が添えられているわけです。法律には、契約の自由が優先する任意規定と、あくまで法律が優先する強行規定がありますので、強行規定に違反するような契約は、いくら合意していても違法になります。たとえば、民法第1条に基本原則として、信義誠実の原則というのがあります。