後から発生した振休を、事前に取った有休と相殺してしまう

> このような処理は労基法上問題ありませんか？
>
労基法違反かどうかといわれれば、違反になる可能性大です。
有休取得は本人の希望した日に取る事が前提であり、
会社がその日を『ダメ！』といえる"時季変更権"は、
『その休暇取得により、事業の継続に多大な影響を与える(可能性がある)』
場合です。
ご相談の事例の場合、有休にせよ代休にせよ、その日に休んでいる事は事実ですから、
その時季変更権は認められないと考えられます。

> その理由は代休発生により割増分２５％を支払う必要が無くなるから
> と説明がありました。
>
『時間外手当を出したくない』という、あくまで会社の都合ですので、
それを本人に強制する事は出来ません。
本人が承諾すれば別でしょうけど、本来の形ではありませんよね。

> 一般的に行われていることでしょうか？
>
個人的には、実際にはよく行われている事だと思います。
うちの場合は、上司から
『これ、振休(代休の制度はなし)に出来ない？』
と相談レベルでの話があり、断ったとしても問題ないので、あまり気にしてません。
もし、これが人事からの相談や命令口調だと、噛み付きますけどね。