労災について

労災を申請されていると言うことですが、どのような書類を申請されたのでしょうか。労災の内容を把握しないと話になりません。
通勤労災なら、会社が休業補償をする必要はありません。業務災害なら労働者死傷病報告を会社が監督署へ提出し休業補償の対象になりますが。

業務災害用を提出しました。
当初は本人より何も知らされておらず、4ヶ月程経ってから労災申請をしてほしいと言われましたが、休業補償になるのでしょうか。

また、書類を提出した医者よりどういうことなのか？と問い合わせもきていてふにおちない事だらけです。

医療機関へ様式５号を提出されたということですか。
医者より問い合わせについては医療機関では労災扱いになっていないのではないでしょうか。当然、監督署も知らぬ存ぜずですね。
業務災害用を提出された書類を確認することが必要です。
そこには業務災害の詳しい内容（発生月日時、その現認者や
どのようにして事故になったかなど）が記載されているはずです。