有給使用退職の交通費

すみません、どなたか教えてください！
今回、有給を20日使用して退職する社員がおります。（5/15付けで退職）給与計算（16日～15日〆）のうち結局1日（4/16のみ）しか出勤にならないのですが、すでに6ヶ月の定期代を支給しております。（9/11までの定期）
この場合、定期は～4/16まで使用してもらい、それ以降分は定期の払い戻し分を給与から差し引いても良いでしょうか？
すみません、よろしくお願いします。