標準月額定時決定について

定時決定について伺います。
6月半ばから育児休業に入った職員がおります。
4月は産後休暇で支給額が　356,000円（月給　30日）
5月も356000円（月給　31日）
6月からは、育児休業にはいり　算定期間も15日で118000円で算定外になります。
ずっと標準月額は、380,000で計算されていました。
しかし、標準月額定時決定は、360,000で届きました。
4　5　月の平均をとられ9月から育児休業に入っています。
減額した金額は　通勤費と手当で、出勤していたら支払われる手当です。
産後休暇に入っていたため、出勤はないため支払いがありませんでした。
6月から育児休業に入った職員の定時改訂は、４・５月の平均でよろしいでしょうか？
それとも　通勤費や手当はみなしとして計算されるため、改訂はされないのでしょうか？
教えて下さい。
が、