出勤管理

現在、出勤管理の事務処理を担当しています。様々な問題があり苦慮しています。現在、タイムカードによる出勤管理をしていますが、ものすごく事務処理が煩雑になってしまいます。監督官庁の指導により、タイムカードを導入したものの、残業代その他はタイムカードの打刻時間から計算をせず、月末の集計がとても大変です。タイムカードを導入後も手作業で修正をかけることに対して疑問に思っていますが、皆さんはどのように出勤管理をされていますでしょうか。何か参考になることがあれば教えて下さい。