定款に大幅変更があった場合

履歴事項全部証明が見栄えの悪いものになるというのは、個人の感性の問題でしょうが、当職が見たとして、変更された内容には特にややこしい会社の印象は持ちませんね。
気にされなくても良いと思いますよ。

会社保管の定款は、最新の状態（例えて言えば「現在事項全部証明書」でしょうか。）で保存されるのが一般的ですから、文言削除・変更を加えて（契約書の訂正のように。）わざわざ見栄えを悪くする必要はありません。
外部に出す時も、現在有効な条項だけで「現定款」として原本証明を付けておけば良いですよ。

定款変更を行う株主総会の議案説明は対照表を付けた方が良いと思いますが。

本社移転を考えてはいかがでしょうか。すべての登記事項を登記したのち、登記所の管轄外に本社移転決議をします。決議や登記は同時でもいいのかもしれませんが。もちろん移転先を確保して、実際に本社移転します。そうすれば、見栄えの悪い？会社登記簿は閉鎖となります。ただし移転先登記から閉鎖簿を見にいけますので、閉鎖登記内容によりわけあり会社とみなされる余地はありますが。