通勤費について

ご存知の通り、法的に正しい方法と言うのは有りません。
ですので、御社とその従業員の方々の都合のよい方法が、正しいのだと思います。
他社で３カ月定期代金支給の場合でも、3か月に一回の支給だったり、毎月1/3支給だったりとマチマチだと思いますよ。

あくまで通例ですが、企業間では3ヶ月あるいは6カ月支給と為しているでしょう。
一つには、経理処理の削減策、お話の経費削減策とも考えての方策でしょう。基本は、就業規則内での通勤費支給に関する規則を為さり、「通勤費支給規則」により、通期者からの申請、確認後支給を行っていると思います。
ご質問の退職者、転勤者からの期間に生じた場合には下記条件での返金請求を求めているでしょう。



第６条（退職、転勤等の処置）
　定期乗車券の通用期間内に退職または転勤を命ぜられた時は、定期乗車券を精算し、精算金を会社に返還するものとする。

> いつも勉強させていただいております。
> この度通勤費が３箇月単位（現状１箇月単位）になると知りました。
> （総務担当者には何も相談・連絡なく）
>
> そこで３箇月単位の場合３箇月に１回支払いをすれば良いのか？３で割って毎月支払うのが正しいのでしょうか？
>
> 当社はほぼ全員が中途採用者で３箇月に一度だと管理が大変になりそうで、離職率も多いので残った部分はどの様に返金をしてもらうか問題です。
>
> どうぞよろしくお願いします。

正しい方法は特にないと思いますよ。
担当者が管理しやすい方法が一番です。
御社では交通費に関して規程を作っていますでしょうか？
作っているのであればそちらの改正もしなければなりませんね。
多くの会社では３ヶ月ないしは６ヶ月定期の実費額を月割にしていると思います。
退職時の対応ですが、規程に退職時には清算の上返金する旨を記載しておけばいいのではないでしょうか？
具体的には退職日（最終勤務日）に現金(帰りの電車賃を引いた額)と清算書を総務に持参するとしておけばいいのでは？と思いますが。