無職扱いですか？

ご質問の趣旨がよくつかめません。
「無職扱いですか？」というタイトルからすると、
自分は勤めているのに、会社から
　「源泉徴収」及び「課税証明」はだせない。
　 給与明細なら出せる（アリバイ会社を使い）
と言われたから、自分は無職扱いになっちゃうのか？
ということですか？

年の途中だと、源泉徴収票は出しませんよね。
年末調整等の処理をしていないため、出せない、
という言い分なのでしょうか？　収入が少ないから
課税対象ではない、という意味で出せないと言って
いるんでしょうか。

課税証明は、市（区）役所が発行すべきものだと
思いますし。ただ、会社でも、支給している給与の
課税分・非課税分の内訳を出すことも可能だと思い
ますけど。

どういう職種の、どういう勤務形態か分かりませんが、
お役所に届け出ていない会社さんなのでしょうか。
「アリバイ会社を使い」なんて言葉があるように、
正当ではない気がしますよね。