変形労働時間制に関して

未知夏さんの会社の就業体系は、一年変形労働時間制でしょうか。
まず、世間での土日祝日(休日)と会社の法定休日違いを理解しなければいけないですね。
会社の法定休日は、土日祝日のどれかでしょうか?
であれば、該当した曜日に就業した場合には、休日割り増し賃金対象となるでしょうし、そうでなければ平日と同様です。
また、22時以降の場合とは深夜残業手当のみの話を指しているのであれば、質問のとおりです。
相談は、いまの未知夏さんの立場にもよりますが、信頼のおける社内のどなたかに一度相談した方がよろしいのではないでしょうか。
直接、労働基準監督署に行くと会社にケンカを売る行為になりますよ。