こんにちは
質問を「為替レート」にのみ限定して回答します。
当社では現地通貨での支払いで労働契約をしています。
ですから日本からの支払い額は変動しますが、受け取り側には影響がありません。 多くの会社では給与は現地通貨での支払いとするのが普通と思います。
もちろん、会社の規定ですから、日本の通貨払いも可能です。
レートは、会社毎の経理上の取り決めですので、唯一の答えは無いでしょう。 当社では売買決済を含めたレート(日々変動)を使っています。 レート適用期間の長短に関わらず、月次決算では乖離分は為替差損(益)として会計上は調整されますので、大きな問題では無いと思います。