株主総会での法人株主の使者としての社員の参加

法人株主の使者として当該株主である会社の従業員が出席することは問題ありません。ただし、１法人株主の社員２名が出席しようとする場合には議決権を分けることはできませんから、１名のみの出席を認めるか、便宜的に２名とも入場は認めるが、発言その他の行為はご遠慮いただくことになります。（使者が自分で考えた発言を行うことの可否についても議論の余地を残すでしょうが。）
持株会の理事長などが持株会を代表して出席することは問題ありませんが、ここも２名以上で出席させたり、いわゆる「社員株主」扱いで、まったく名簿に出て来ない株主（持株会内の持ち分株主など）を出席させることについては好ましくありません。少なくとも発覚すると問題は生じます。
運営上や、緊急時への対応などのために、会議を主催する会社の判断で場内に入り留まることは構いませんが、株主として議事に参加するような実態は避けていただく方が良いでしょうね。
社員株主も個人の立場では「正式に株主」であるよう、株主名簿確定前に名義を取得するよう、運営サイドは注意すべきです。
総会担当者の技量が問われます。

詳しい状況は分かりませんが、弁護士の説明は苦しかった可能性もありますよ。