有給休暇と休日出勤

有給休暇と休日出勤はまったく別物です。もちろん同月に同時発生するの普通です。beteさんの以前の会社にむしろ問題があると思いますよ。勝手に振り替え扱いにしてますから。割増分不払いではないですか？
本来、有給休暇は自由に取得させるものですから（特定の要件を満たせば使用者が時期をずらすことなどが出来るので『原則』としておきますが）どんどん有給を消化しても仕事に支障が出ない範囲ならいいのではないでしょうか。
設問にある、自由に休日出勤できるような社風を変えるほうが先なような気がします。

先ほどの取得は自由という内容に矛盾しますが、好きなだけ休んで、たまった仕事を休日にするような会社になってしまうと、あまり良いこととは言えません。
弊社では自由に取得させる代わりに、本人が仕事を調整して1日フリーにしてから有給を取得するようにしています。

それでも会社の突発的な都合で休日出勤が必要な状況であれば、割増を払って出てもらえばいいと思います。
長くなりましたが、買取は日数を会社がお金で買うので、本人は休めません。有給休暇は、本来『心身のリフレッシュ』が目的です。しかし、休んで給与が減ってしまうと困るので、有給の休暇となっています。
買取が禁止されているのは、お金よりも休むという事に有給休暇の制度は重きを置いているからです。

なかなかむづかしい問題と考えます。確かに自由に有給休暇を取得できる雰囲気の会社もあるでしょうが・・・
例えば忙しいから休日に出て仕事を行う。製造会社等はよく聞きます。
しかし、一方で平日勤務日に有給休暇で休んでしまっては何のために休日出勤し生産したのかわからなくなってしまいます。結果的に有給休暇の買取とも言えなくはないかもしれませんし会社としては容認しがたいのではないでしょうか。
正面からこの考えは正しいですか？と問われればＮｏと答えるでしょうが多くの中小零細企業ではこの考えは横行しているのではないでしょうか。

お返事ありがとうございます。
弊社は製造部門と営業部門（店舗小売）と２つの部門があります。営業部門は比較的自由に公休を設定することができますが、
今回のケースは当社製造部門の話で、日曜・月曜が定休日で固定になっています。
その日曜日に製造部門の者が営業部を手伝ったという内容です。
有休休暇は事前に提出されており受理しました。営業の手伝いもある程度事前にわかっておりました。当月の業務カレンダーを作成する前に、振り替えて置けばよかったのですが、カレンダー作成後にこのような話になりました。
もちろん、自由に休日出勤を認めるなんてことはありません。
営業部門と製造部門の間に不公平が無いようにしたいと思っております。重ねてご回答いただければ幸いです。