通勤手当　社会保険料

> 当社では出勤する場所が日によって違うため通勤交通費が毎月定期代ではなく、毎月末に各人がその月にかかった交通費を精算しています。
> その場合通勤手当ではなく旅費交通費として処理していいのでしょうか？
> 手当ではないので社会保険料の計算にはいれなくていいのでしょうか？


直接的な回答にならないかもしれませんが、労災法7条に通勤災害となる通勤について定めがあります。

第七条 　この法律による保険給付は、次に掲げる保険給付とする。
（略）
２ 　前項第二号の通勤とは、労働者が、就業に関し、次に掲げる移動を、合理的な経路及び方法により行うことをいい、業務の性質を有するものを除くものとする。
一 　住居と就業の場所との間の往復
二 　厚生労働省令で定める就業の場所から他の就業の場所への移動
三 　第一号に掲げる往復に先行し、又は後続する住居間の移動（厚生労働省令で定める要件に該当するものに限る。）

つまり通勤とは「労働者が就業の為に、家と就業場所との往復を合理的な経路と方法により行うことをいい、業務では無いもの」と読めます。
ご質問は、家から就業先への往復の費用ですから通勤と見るのが良いかもしれません。

ただし、その詳細（出勤場所の違いや就業時間などいろいろ）がよくわかりませんので、本当に業務による移動ではないのかという点も考慮する必要があると思います。

通勤でなければ通勤手当にも該当しないので社会保険料にも関与しない事は仰るとおりです。