まだ本店の住所変更をしていない場合

> そこで、以前にいた事務所で本店登記されていましたが、すでにもうそこにはいないため、このような場合は見積書や領収書を切ったりするときはどこの住所を書いておけばいいのでしょうか？
>
> 今は事務所がないので、自宅の住所を書いたりしていますが、登記変更をするまではそれでもいいのでしょうか？

相手先へは登記云々の話は特に心配しなくても大丈夫です。現在すぐに連絡がとれる住所でいいと思います。
相手先から連絡や書類が届くこともあると思うので、
すぐに受け取りができない住所や連絡がつかない電話番号を書かれても相手先も困ると思います。

ここからは会社法のお話しですが、
本店の所在地は、形式上の本店の住所であり、実態と違っていてもかまいません。
但し、これは本店以外に支店を登記して、実質の本店はコチラとか、本店の所在地とも連絡がつく場合で、少なくともどこかしらに連絡がつくこと必要です。

現在、旧住所の所在地はないとのことで、支店登記もしていない場合、「登記懈怠」になり「過料」に処されることがあります。また、連絡がつかない場合、休眠会社として登記抹消される可能性も出てきます。
実際上では、会社の登記簿謄本を提出する手続きのときに、話が面倒になりますし（銀行の口座開設、許認可申請etc...）、公的機関からの連絡も（設立届けなど必要な書類の提出を忘れていた場合など）無いとはいえませんので早くの手続きをおすすめします。

ご存じだとは思いますが、

同一管轄法務局区域内での移転の場合
　→現在の法務局に本店移転登記申請（費用は３万円）

他の法務局管轄区域への移転の場合
　→旧本店所在地の法務局への申請と新所在地の法務局への申請の2件の登記申請書が必要（費用は６万円）

面倒だとは思いますが、後々、もっと面倒なことに巻き込まれなように早くの手続きをおすすめします。

チェリーボンボンさん

アドバイスありがとうございました。
すこし安心しました。

お言葉どおり、ことが起こらないうちに、手を打っておこうと思います。

ありがとうございました。