所得とは？？？（初歩的な質問で申し訳ありません。）

給与所得の場合、「所得」という場合は課税支給額から給与所得控除額を引いた金額です。

「課税支給額」は総支給額から通勤交通費等非課税所得を引いた金額です。

「給与所得控除額」は課税支給額によって変わります。表形式の方が見やすいと思いますので、次のＨＰ（国税庁タックスアンサー）をご覧ください。
http://www.taxanswer.nta.go.jp/1410.htm

また、「課税対象額」というのは社会保険料や諸控除額まで引いた金額のことをおっしゃっているのかもしれませんが、ご質問の問い合わせや証明書等ではこの金額は関係ありません。

「給与支払証明書」と言われた場合は、総支給額を記載します。その際、通勤手当は分けて記載しても支給額に含めてもどちらでもかまいません（法律文書ではないので特に決まりはない）。もちろん正確を期すためには分けて記載するのがよいとは思いますが。

こんなところです。

大変分かりやすいご回答を頂きありがとうございました。
問合せに答えることができました。
また宜しくお願いします。