報奨金の処理について

こんにちは。

以前勤務していた会社でのことです。

資格取得時に出す報奨金は、「現物支給の給与」として取扱い、課税します。課税の方法として、
１．報奨金を渡すときに仮で源泉を引いて支給
　　その後、年末調整時に本来の報奨金額の収入と仮で引いた源泉の支払があったとして、年末調整時に清算
２．報奨金はそのままの金額を支給して直後の給与時に現物支給があったとして課税対象額に報奨金の金額を加えて計算する
３．報奨金はそのままの金額を支給して、年末調整時に現物支給があったとして収入額に報奨金の金額を加えて計算する
とかがあると思います。

いずれにしても、本人の最終の課税対象金額により所得税率も変わります。

また、その時は３．の方法で行っていたのですが、税務調査時に１．または２．で行うように指導がありました。現物給与である限り、支払時に源泉徴収されるべきであり、報奨金の趣旨から源泉徴収後の金額を渡すのもなんでしょうから最低限２．で処理してくださいとのことでした。

masamasaさん、ご丁寧にありがとうございました。
よくわかりました。

そこで更に質問なのですが、
所得税を会社で負担する。。。と言う場合は年末調整等は関係なくなるのでしょうか？
そもそも会社負担でいいのでしょうか？
親会社では報奨金の所得税は会社負担としてるようなのですが。。。。

私は総務・人事の実働畑の人間なので、法律的・経理的な方からすればおかしな回答をするかもしれませんが、ご容赦を。

個人が支払う所得税を会社が負担するできるかどうかですが、できると思います。
あくまで個人負担すべき所得税を会社が立替て？ということですが。
年末調整はあくまで個人の収入とそれに応じた所得税の処理ですから、報奨金を含めた収入から計算された所得税を支払っていることになりますので、関係なくなることはありません。
通常の所得税は本人からの預かり金ですが、会社が負担する場合、どの経費で処理して支払われるんでしょうか。会計処理をどうするのかが私にはわかりませんが。

重複回答になるかもしれませんが、
会社には、源泉徴収義務と納付義務があります。
従って、報奨金にかかわる源泉税を会社が負担するという見方ではなく、報奨金自体を源泉徴収後、いくら支払うかという見方をすれば良いということです。
仮に、報奨金を５万円とすれば、源泉徴収後４万５千円支給していれば、さっきーさんの言われるところの本人負担。手取り５万円になるように５５，５５５円支給していれば、会社負担ということでしょうか？
いずれにしても、源泉税は本人負担であり、実態は、報奨金金額が変わるということになります。
また、年末調整は、給与所得と控除事項を再計算して過不足を算出し、正確な（確定申告があるので、正確には、会社が把握できる限りの情報において正確なということですが）税額を確定する手続きですので、必ず必要になります。