休日の振替は、あらかじめ定められた休日を労働日とし、そのかわりその日以前の特定の労働日を休日とし、またその日以降の特定の労働日を休日とするように休日を繰上げまたは繰り下げることを言います。(代休とは違います)。
したがって、1時間でも労働されたのですから、その分の休日を1日与えることは問題ありません。
もし、振替でなく代休ならばその労働日の休日と割増賃金分を払わなければなりません。
しかし、文面からして休日振替でなく、単に使用者の都合で休日を変更した「代休」のように感じます。したがって、1日の休日と作業した1時間の割増分だけ支払わねばならないでしょう。