休日出勤の残業と平日指定休

> 残業処理は、発生した当日の処理でなくてはならないのではないでしょうか？

残念ですけれども、何を質問されたいのか意味不明です。残業時間のことですか？それとも賃金（割増手当）のこと？

上の引用した一文ですと、その会社の残業のさせかたがそうなのですから、そうでしょう、としかお答えのしようがありません。

就業規則で休日とは。と定義しているにも関わらず、休日指定出勤を命令した場合には、
その日が「休日」ではなく、翌日の月曜日が休日となり、その日の出金に対しては、休日出勤扱いされるという事。すべての日曜日等が該当するのではなく、ローテーションで日曜日出金がまわってきたときだけ適用されます。
このような勤務方式は容認されるものなのでしょうか？ということが痛かったのですが

質問のおおよその輪郭がわかりました。

「休日の日曜と、出勤日の月曜と、あらかじめ日を指定して入れ替える」振替休日の規定が就業規則にありませんか？

そうしたうえで、日曜が通常の勤務日となり、月曜が休日とすることができます。

休日となったはずの月曜を勤務したら、割増し付き賃金支払いがあるのですから、問題ないでしょう。

ただ１点気になるのが、その１．３５倍賃金支払われる月曜勤務に対し、いつが１．２５倍賃金となるのでしょうか。

１．振り替え休日出勤とした月曜勤務の終業時刻後の残業
２．振り替え通常出勤とした日曜勤務の終業時刻後の残業
３．その他

お返事ありがとうございました。
さて、お尋ねの　１．振り替え休日出勤とした月曜勤務の終業時刻後の残業
　　　　　　　　　　２．振り替え通常出勤とした日曜勤務の終業時刻後の残業
ですが、１．の振り替え休日出勤の月曜日は、極端に表現すると、
　　　　　　０：００～５：００が１．６割増、（５：００～）９：１５～２０：００　が１．３５割増。２０：００～　　　　　　２４：００が１．６割増です。
２．の日曜指定出勤は平日扱いなので、０：００～５：００が１．５割増、５：００～９：１５が１．２５　　　　　　割増、２０：００～２２：００が１．２５割増、２２：００～２４：００が１．５割増。です
ただ、電話当番があり通常の勤務時間帯は、９：１５～１８：００までなのですが、当番は１８：００～２０：００までです。従来は、１８：００～２０：００までは残業１．２５割増の扱いだったのですが、電話当番の日は、出勤時間を２時間遅らし、１１：１５～２０：００までとして残業時間なしとされています。
ただ、『２時間の前後調整』ですが、私的には、朝の２時間と、通常勤務１８：００以降の２時間を比較すると、１８：００～２０：００は１．２５の割増であるところ、朝の２時間は１．０の扱いであって、遅出で時間調整しても、２H×０．２５の差額は支払義務があるのでは？と思うのですが
。また、残業とは１分刻みでつけるべきなのか、会社は３０分単位として、２９分残業しても０扱いなのですが。あわせてお教えください、